祖瑞因涉嫌贪污，于2005年11月29日被宁夏回族自治区检察院刑事拘留，同年12月12日被捕，后经最高人民检察院指定管辖，此案交由安徽省检察院办理。侦查终结后，此案依法交安徽省六安市检察院，并以贪污、偷税罪向法院提起公诉。

经审理查明：1999年至2001年，祖瑞利用其负责管理经营的职务便利，采取收入不入帐、隐瞒利润、制造亏损等手段，进法占有国有公司的投资款28万多元和另一公司上交的20%利润379万多元，共贪污408万多元。同时，在管理期间，祖瑞还安排公司财务人员采取不列、少列收入，伪造公司账簿凭证，向税务机关进行虚假纳税申报的手段，致使公司偷逃企业所得税934万多元。

1985年3月15日，经中国人民银行批准，宁夏回族自治区人民政府出资5000万元成立宁夏伊斯兰国际信托投资公司（以下为宁国投）。1998年，祖瑞调入宁国投公司工作。1998年5月6日，宁国投公司成立信发公司，由宁国投公司出资30万无、祖瑞等四人出资7 0万元（由祖瑞从宁国投公司借资7 0万元，以其本人及其他三人名义投入，注册后即归还）共计100万元设立。同年5月12日，宁国投公司决定聘任祖瑞为信发公司经理（副处级别），并抄报宁夏自治区区委组织部。1999年3月，宁国投公司为加强对下属公司的监督和管理，决定成立子公司“宁夏金吴实业集团有限公司”即金昊公司，该公司对包括信发公司在内的下属8个公司进行管理。2000年9月4日，宁国投公司聘任祖瑞为金昊公司副总经理（正处级别）。

1999年至2001年，信发公司在从事煤炭经营中，祖瑞利用其负责公司全面工作和直接经办业务的职务之便，采取不向财务人员提供全部业务合同等资料，并安排会计将大部分款项不计入公司财务帐等手段，隐瞒实际经营收入和利润。2001年5月，宁国投公司委托五联所对其投资的信发公司进行审计，由于信发公司提供了虚假不实的财务帐据，导致对该公司审计结论为经营亏损9 3万多元，据此核定宁国投公司此时投资的30万元亏损了28万多元。由于账面上反映信发公司亏损，祖瑞据此意图占有宁国投公司30万元投资款。2 0 02年1 2月底，祖瑞以旧办公设各折价冲抵宁国投公司3 0万元投资款中除去账面亏损后剩余的1万多元。2003年2月，祖瑞让会计分两次将应属宁国投公司的28万多元投资款从信发公司银行账户提出后存到其个人的银行账户据为己有，从而核销了宁国投公司对信发公司的全部投资。

1999年至2001年，信发公司与宁国投公司的资产管理公司金昊公司每年签订企业内部承包合同，规定信发公司需上交2 0％的利润。经侦查机关委托华恒信所审计，在此期间，信发公司经营煤炭取得收入应上交金昊公司利润379万多元。祖瑞通过隐瞒利润、制造虚假亏损的手段，委托五联所对信发公司2001年1 2月31目的资产负债情况进行审计，明确信发公司亏损1 3万多元。据此，祖瑞将应上交金昊公司的379万多元利润占为己有，并将钱款存入自己和家人的账户。2005年5月份左右，祖瑞伪造了三份不上交金昊公司2 0％利润的“补充协议”，掩盖其非法侵吞上述利润的事实。

另外查明，1999年至2001年，信发公司在煤炭经营活动中，为了达到少交、不交税款的目的，祖瑞安排公司财务人员制作假账，少列或不列收入，并向税务机关报送虚假的财务会计表和纳税申报表。经审计鉴定，1999年1月1日至2001年1 2月31日，信发公司共产生利润总额2830多万元，应交企业所得税934万多元，已交企业所得税2900多元，未交企业所得税934万多元。

11月20日，一审法院以祖瑞犯有贪污罪判处其无期徒刑，剥夺政治权利终身，并处没收个人全部财产，以偷税罪判处其有期徒刑五年，并处罚金1000万元，决定执行无期徒刑，剥夺政治权利终身，没收个人全部财产。